Historia Clazómenas fue famosa por su actividad comercial y por fundar colonias como Abdera en Tracia y participar en la fundación de Naucratis en Egipto. Sufrió ataques de Aliates, rey de Lidia, en el siglo VI a.C., aunque resistió y mantuvo su independencia durante un tiempo. Durante la revuelta jónica (499 a.C.), se trasladó a una isla para defenderse mejor de los persas. Poco después, fue tomada por el general persa Otanes. En el siglo V a.C., tras las Guerras médicas, cayó bajo influencia ateniense, aunque se rebeló durante la Guerra del Peloponeso antes de volver a la órbita de Atenas y, posteriormente, de Persia.