Recorrido El Coatzacoalcos nace en la sierra de Niltepec o Atravesada, en el estado de Oaxaca, en la región del istmo de Tehuantepec. Esta sierra, de relieve abrupto y clima húmedo, forma parte del sistema montañoso que enlaza la Sierra Madre del Sur con la Sierra Madre de Chiapas, y constituye una de las zonas de mayor precipitación de todo México, lo que explica el extraordinario volumen de agua que el río es capaz de transportar a lo largo de su curso.