Curso El Itaya nace en las tierras bajas de la llanura amazónica, al suroeste de Iquitos. Sus cabeceras se localizan entre las latitudes 4°10'S y 4°15'S, en una zona de bosque húmedo tropical. Desde su origen, fluye predominantemente en dirección suroeste-noreste con un curso extremadamente sinuoso y meándrico, típico de los ríos de selva baja. En su tramo final, bordea los distritos de San Juan Bautista, Belén y Punchana antes de desembocar en el río Amazonas (por la margen izquierda), justo frente a la ciudad de Iquitos.