Curso El Pachitea nace en las confluencias de los ríos Pichis y Palcazú cerca de Puerto Victoria, a aproximadamente 260 metros sobre el nivel del mar, en la región de Pasco. Sus aguas provienen de las alturas del cerro Lautrec y la laguna con el mismo nombre. Desde su nacimiento, el río tiene un curso sinuoso orientado inicialmente hacia el noreste, alternando entre tramos encajonados y con fuerte pendiente, y tramos más amplios donde el cauce se ensancha, especialmente en la parte media y baja del río.